Современный интернет проект как правило содержит следующие файлы:

mysite.ru
  index.php (index.html)
  style.css
  style2.css (файлы стилей)
  header.php
  sidebar.php
  footer.php
  content.php
  img (изображения статей сайта)
    page1
      1.jpg
      2.jpg
    page2
      1.jpg
      2.jpg
  files (подобно img)
  template (файлы шаблонов сайта)